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Per la sua particolare collocazione a cavallo dello spartiacque appenninico e per la sua posizione vicino al mare il Parco del Beigua viene considerato una delle zone più ricche di biodiversità della Liguria anche dal punto di vista zoologico.
Oltre ad un gran numero di specie di Invertebrati, è di notevole interesse la fauna legata agli ambienti umidi nei quali vivono salamandre, diverse specie di tritoni e di rane.
Sono più di 155 le specie di Uccelli che nel corso dell'anno nidificano o stazionano all'interno dell'area protetta e proprio l'avifauna è tra le più importanti e apprezzate risorse naturali del Parco del Beigua.
Le specie nidificanti sono 86 e alcune di queste come l'Aquila reale, il Succiacapre, la Tottavilla, il Calandro, il Codirossone, l'Averla piccola, la Magnanina, la Cincia dal ciuffo hanno una grande importanza nell'ambito dei programmi di conservazione che l'Unione Europea sta conducendo in tutti i paesi membri.
Il Parco del Beigua è ormai conosciuto a livello nazionale e internazionale per il fenomeno della migrazione dei rapaci diurni che nei i settori sud-orientali assume una notevole importanza sia per il numero di specie in transito sia per la dimensione del transito, che per alcune specie, come il Falco pecchiaiolo e il Biancone, può raggiungere livelli notevoli.
Le ultime ricerche condotte dimostrano che attraverso il Parco del Beigua transita, in primavera, l'intera popolazione di Biancone nidificante dell'Italia centro-meridionale. Dall'Africa centro-occidentale dove hanno trascorso l'inverno, questi uccelli migratori attraversano lo Stretto di Gibilterra, la Penisola Iberica e la vicina Francia mediterranea per raggiungere il nostro Paese.
Tra i Mammiferi si possono osservare, con relativa facilità, cinghiali, caprioli, lepri, tassi. La chirotterofauna (pipistrelli) è stata recentemente oggetto di studio specifico che ha portato ad accertare la presenza di 13 specie, alcune, collegate agli ambienti forestali, considerate di maggior pregio naturalistico.
