
L'Orto Botanico, esteso complessivamente per 34.000 mq, si articola in tre zone principali, ciascuna con caratteri ed elementi propri e distinti, tali da poter offrire un'ampia e interessante panoramica sulle peculiarità del mondo vegetale: la Cornice didattica, gli Ambienti liguri e la Cornice spontanea.
L'Orto Botanico vero e proprio, cioè la parte perimetrata e visitabile negli orari di apertura, occupa circa 19.000 mq e comprende 12 diverse tipologie ambientali rappresentative della Liguria, dal livello del mare alle montagne, con la relativa flora e vegetazione tipica.
Dalle specie esotiche della Cornice Didattica, si passa infatti ai due ettari dedicati alla flora e alla vegetazione degli ambienti liguri: dalle scogliere marine alle pareti rocciose e agli stagni, attraverso un campionario che non esclude il paesaggio agrario tradizionale ligure con colture cerealicole e varietà di vite ed olivo, per concludersi con l'ampio declivio di vegetazione spontanea, prevalentemente arbustiva, lasciata inalterata. Dentro a questa estesa porzione di territorio sono stati preservati lembi di vegetazione preesistente, soprattutto arbusti della macchia mediterranea che vegetano assieme alle piante immesse e coltivate. Spiccano qui alcune delle più interessanti presenze botaniche, come quella dell'afillante Aphyllanthes monspeliensis, che raggiunge il limite orientale dell'areale distributivo, centrato nell'Europa occidentale, proprio nei dintorni di Cogoleto. Notevole per la rarità la presenza di un'avventizia, Fuirena pubescens, segnalata dal 2005 nell'Orto che costituisce una delle pochissime stazioni dell'Alta Italia.
Particolarmente lussureggiante e ricca è la flora della scogliera marina le cui estese fioriture sono godibili a marzo, grazie alle eccellenti condizioni di soleggiamento che invece rappresentano un fattore limitante per i comparti delle piante alpine e montane.